대표자가 같더라도 개인사업자와 법인은 원칙적으로 서로 다른 사업자입니다. 개인사업자는 대표자 개인이 사업의 주체이고, 법인은 대표자와 별개의 법적 주체이므로 사업자등록과 세금도 각각 구분됩니다.
따라서 개인사업자의 거래를 법인 거래로 보거나, 반대로 법인 거래를 개인사업자 거래로 처리할 수는 없습니다. 다만 사업자등록이 따로 있다는 이유만으로 두 사업자 사이의 세금계산서 발급이 자동으로 정당화되는 것은 아닙니다. 실제로 한쪽이 다른 쪽에 과세되는 재화나 용역을 공급한 거래가 있어야 합니다. 거래의 이름이나 형식보다 실제로 누가 공급하고 대가를 받았는지가 중요합니다.
즉, 대표자 동일 여부가 아니라 실제 사업 주체와 거래 내용에 따라 구분하시면 됩니다.