건축비를 보전하기 위해 받은 보조금이라면, 장부에서 건축물 취득가액을 차감하는 방식으로 처리했더라도 취득세 과세표준에 포함하는 것이 원칙입니다. 다만, 보조금의 실제 지급 목적과 사용처가 건축물 취득과 무관하다면 달라질 수 있습니다.
취득세 과세표준은 취득을 위해 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 관련 간접비용을 기준으로 봅니다. 「지방세법 시행령」 제18조는 취득자가 직접 부담한 금액뿐 아니라, 취득을 지원하기 위해 다른 사람이 지급한 비용도 사실상 취득가격에 포함될 수 있도록 정하고 있습니다. 따라서 보조금이 공사비의 일부를 대신 부담한 성격이라면, 자금의 출처가 보조금이라는 이유만으로 과세표준에서 빼기는 어렵습니다.
회계장부에 보조금을 자산 차감으로 표시했는지는 취득세 과세표준을 결정하는 기준이 아닙니다. 실제 건축비와 보조금의 지급 목적·사용 내역을 확인해 판단해야 합니다. 공사비 지급자료, 보조금 교부결정서와 정산자료, 공사계약서 등을 함께 정리해 두시는 것이 좋습니다.
반대로 보조금이 건축비 지원이 아니라 운영비 등 다른 목적으로 지급되었거나, 취득물건을 얻기 위해 지급된 비용이라고 보기 어려운 경우에는 포함 여부를 별도로 검토할 수 있습니다. 이주비·지장물 보상금처럼 취득물건과 별개의 권리에 대한 보상 성격 비용, 부가가치세 등 시행령에서 제외하는 비용도 구분해야 합니다.
현재 적용되는 기준으로는, 보조금이 해당 건축물의 취득을 지원하기 위해 지급된 것인지가 핵심입니다. 보조금 명칭만으로 결론 내리기보다 교부 조건과 실제 지출 내역을 기준으로 판단하시기 바랍니다.