산학협력단이 연구용역을 수행하고 사업비를 청구할 때 세금계산서와 계산서 중 어떤 것을 발행해야 하나요?

산학협력단의 연구용역이 부가가치세법상 면세되는 학술·기술연구용역이면 계산서, 면세 요건을 갖추지 못하면 세금계산서를 발급하는 것이 원칙입니다.

판단 기준은 용역의 이름이나 청구서에 적힌 ‘사업비’가 아니라, 실제로 제공한 연구의 내용과 대가의 성격입니다.

• 계산서를 발급하는 경우: 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론·방법·공법·공식 등에 관한 연구용역에 해당하고, 산학협력단이 독립된 자격으로 제공하는 경우입니다. 연구용역이라는 명칭만으로 면세되는 것은 아니므로, 일반적인 조사·분석·자문·시험·검증 등이 실제로 새로운 이론이나 기술 개발을 위한 연구에 해당하는지 살펴야 합니다.
• 세금계산서를 발급하는 경우: 위 면세 연구용역 요건에 해당하지 않는 과세 용역을 제공한 경우입니다. 과세사업자가 용역을 공급하면 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하는 것이 원칙입니다.

따라서 계약서의 과업 내용, 연구계획서·최종보고서, 산출물과 대금 산정 근거를 확인해 실제 용역이 새로운 학술·기술 개발을 위한 연구인지 먼저 판단하셔야 합니다. 연구용역을 여러 과업으로 나누어 계약했다면 과업별로 성격이 달라질 수 있으므로 각각 구분해 판단하는 것이 안전합니다.

또한 사업비라는 명칭만으로 계산서나 세금계산서 발급 여부가 정해지지는 않습니다. 연구용역 제공의 대가로 지급되는 금액인지, 용역 공급 없이 보조·지원 목적으로 지급되는 금액인지 실질을 확인해야 합니다. 용역 대가가 아니라면 세금계산서 발급 대상 거래인지 별도로 검토해야 합니다.

면세 연구용역이면 부가가치세를 별도로 표시하는 세금계산서가 아니라 계산서를 발급합니다. 산학협력단의 법적 형태와 거래 상대방, 구체적인 과업 내용에 따라 계산서 발급 방식이나 면세 적용이 달라질 수 있으므로 계약과 실제 수행 내용을 함께 대조해 처리하시기 바랍니다.