업종코드가 여러 개인 경우에도 부가가치세 신고는 일반적인 방법과 동일하게 진행됩니다. 각 업종에서 발생한 매출과 매입을 합산하여 신고하며, 일반과세자의 경우 매출세액은 과세분 세금계산서 교부분, 영세율(수출) 세금계산서 교부분, 예정신고 누락분, 대손세액 가감을 합산하여 계산합니다. 매입세액은 세금계산서 수취분, 예정신고 누락분, 그 밖의 공제매입세액 등을 합산하여 계산합니다. 최종 납부(환급)세액은 매출세액에서 매입세액을 차감하여 산정됩니다.