지정기부금은 근로소득금액에서 직접 차감되는 것이 아니라, 산출세액 계산 후 세액공제 방식으로 적용됩니다. 다만, 다른 공제금액을 먼저 합계액에 산입하고 초과되는 지정기부금은 이월하여 소득공제가 가능합니다.