협동조합도 재화·용역을 지속적으로 공급하면 부가가치세법상 납세 의무자가 됩니다. 따라서 과세 대상 재화·용역을 공급하면 부가세를 신고·납부해야 합니다. 다만, 협동조합이 회원에게 받는 회비·특별회비 등은 부가세 과세 대상이 아니며, 부가세가 면제되는 재화·용역(예: 가사·간병·보육·교육 등 사회적협동조합이 제공하는 특정 서비스)만은 면세됩니다. 즉, 협동조합은 일반 사업자와 동일하게 과세·면세 여부를 공급 내용에 따라 판단해야 합니다.