비영리법인이 기본재산을 처분할 때는 처분 차익을 수익사업과 고유목적사업에 안분해 수익사업 부분은 법인세 과세소득에 포함하고, 고유목적사업 부분은 비과세 처리합니다. 또한 양도차익에 대해 특별부가세 납부 의무가 있으며, 고정자산을 고유목적사업 회계로 전입한 경우 전입 시 시가를 취득가액으로 삼아 이후 차익을 계산합니다. 처분 시점의 사용 비율·전입 시점 평가·세무신고·특별부가세 신고를 정확히 기록해야 합니다.