청년창업자가 두 개의 사업자를 별도로 운영하는 경우와 하나를 본점·지점으로 운영하는 경우, 세무적으로 어떤 차이가 있나요?

청년창업자가 두 개의 사업자를 별도 등록하면 각 사업자는 독립된 과세주체가 되어 부가가치세·소득세를 각각 신고·납부하고, 손익·접대비 한도 등을 별도로 관리해야 합니다. 반면 본점·지점 형태로 운영하면 본점이 전체 매출·소득을 합산해 신고하고, 사업자단위과세·주사업장 총괄납부 제도를 활용해 부가가치세 신고·납부를 통합할 수 있어 행정·회계 부담이 줄어듭니다.

• 별도 사업자: 각각의 사업자번호·공인인증서 필요, 부가세·소득세 별도 신고, 손익·접대비 별도 안분, 세액공제·감면 요건도 개별 판단.
• 본점·지점: 매출·소득을 합산해 종합소득세 신고, 부가세는 사업자단위과세(신청 시) 또는 주사업장 총괄납부로 통합 가능, 회계·세무 관리 효율성↑, 다만 지점 설치 시 창업중소기업 세액감면(조세특례제한법 제6조) 적용 제한에 유의.