상가주택 임대 시 부가가치세는 임대사업자의 과세유형에 따라 달라집니다.① 일반과세자: 상가(사업용) 부분은 과세대상으로 임대료에 10%를 부가가치세로 징수·세금계산서 발행 후 반기별(7·25, 다음해 1·25) 부가세 신고·납부합니다. 주거용 부분은 면세입니다.② 간이과세자: 상가 부분에 3% 부가세를 포함해 임대료에 포함시키며 세금계산서 발행·별도 신고는 하지 않습니다. 따라서 임대료를 사업용·주거용으로 구분하고, 해당 부분에 맞는 세율을 적용해 부가세를 계산·신고해야 합니다.