보증금에서 원상복구 비용을 차감하더라도 이는 임대인이 제공한 원상복구 용역의 대가로 보아 부가가치세 과세표준에 포함됩니다. 따라서 해당 금액에 대해 세금계산서를 발행하고 부가세 신고·납부 의무가 발생합니다. 차감 전 세금계산서를 받아 두면 매입세액 공제도 가능합니다.