네, 회사 합병으로 부동산 소유권이 이전되는 경우 취득세를 납부해야 합니다. 특히 감면받은 부동산을 유예기간 내에 합병계약에 따라 이전하면 해당 부동산은 취득세 추징 대상이 됩니다.