네, 개인사업자가 프리랜서에게 교통비를 포함해 지급하는 경우 원천세 신고 대상이 됩니다. 프리랜서가 직접 비용을 지출하고 청구하면 용역대가와 교통비를 합산한 전체 금액에 3.3% 원천징수를 해야 하고, 프리랜서는 종합소득세 신고 시 해당 교통비를 필요경비로 공제합니다. 다만, 회사가 교통비를 직접 업체에 지급하고 프리랜서에게는 용역대가만 지급하는 경우에는 용역대가만 원천징수 대상이 됩니다.