2025년 5월에 종합소득세를 신고하고 납부하지 않은 상태에서 9월 2일에 경정청구를 하면, 정기신고 세금을 먼저 납부하고 환급을 받는 것이 순서가 맞나요?

네, 맞습니다. 5월에 신고했지만 납부하지 않은 세액이 남아 있는 경우, 9월 2일에 경정청구를 하더라도 먼저 미납 세액(연체이자·가산세 포함)을 납부하고, 경정 결과 환급액이 발생하면 그 잔액을 환급받게 됩니다. 세무서는 환급액을 먼저 미납 세액에 충당하고 남은 금액을 환급합니다.