네, 세무대리인은 수임업체 직원(납세자)을 대신해 중소기업감면세액 신청을 할 수 있습니다. 단, 납세자로부터 위임장 등 적법한 권한 위임을 받아야 하며, 조세특례제한법 시행규칙 별지 제8호의4 서식으로 신청서를 제출하고, 관련 서류를 원천징수의무자에게 전달해야 합니다.