프리랜서가 개인사업자를 등록했더라도 3.3% 원천징수된 급여는 종합소득세 신고 시 선납세액으로 처리해야 합니다. 즉, 연간 소득·경비를 신고하고 원천징수액을 차감한 후 차액을 납부하거나 환급받게 됩니다. 부가가치세가 과세대상이면 매출액에 따라 부가세 신고·납부 의무도 별도로 이행해야 합니다.