화물 운송업과 화물 알선업을 동시에 등록할 때 세무상 주의점은 무엇인가요?

화물 운송업과 화물 알선(주선)업을 동시에 등록할 경우, 세무상 주요 주의점은 다음과 같습니다.

1️⃣ 사업별 회계·세무 구분

• 운송업과 알선업은 매출·비용 성격이 다르므로 각각 별도 장부를 작성하고, 매출·매입·경비를 구분해 기록합니다.
• 차량 유지·연료·감가상각비 등은 운송업 비용으로, 알선 수수료·중개료 등은 알선업 비용으로 분류합니다.

2️⃣ 부가가치세(VAT) 처리

• 두 사업 모두 과세 대상이며, 매출액이 2025년 기준 1억 4천만원(10,400만원) 이상이면 일반과세자, 이하이면 간이과세자로 등록합니다.
• 세금계산서 발행: • 운송업 서비스에 대해서는 운송업자 명의·계산으로 세금계산서를 발행합니다. • 알선(주선) 수수료에 대해서는 알선업자 명의·계산으로 별도 세금계산서를 발행해야 합니다(부가22601‑1030 질의회신).
• 매입세액 공제는 적격 세금계산서를 받은 경우에만 가능하므로, 거래 상대방에게 정확히 기재된 세금계산서를 요구하고 보관합니다.

3️⃣ 소득·법인세 신고

• 개인사업자는 종합소득세, 법인은 법인세 신고 시 각각의 사업별 순이익을 구분해 신고합니다.
• 비용 처리 시, 운송업에 사용된 차량·연료·보험료 등은 운송업 비용으로, 알선업에 사용된 사무실 임대료·인건비·광고비 등은 알선업 비용으로 명확히 구분해 신고합니다.

4️⃣ 법적 허가·신고 요건

• 화물자동차 운수사업법 제2조 제4호에 따라 운송업과 운송주선업은 각각 허가·신고 대상이므로, 허가를 받지 않은 상태에서 운송 서비스를 직접 제공하면 무허가 영업으로 과태료·가산세 위험이 있습니다.
• 알선업만 수행할 경우에도 ‘화물자동차 운수사업법 시행령 제9조’에 따른 주선사업 종류에 해당함을 확인하고, 허가·신고 절차를 이행해야 합니다.

5️⃣ 증빙·서류 관리

• 운송 계약서·선하증권·인수증 등 물류 관련 서류와 알선 계약서·수수료 청구서 등을 각각 보관합니다.
• 세무조사 시 ‘세금계산서·계약서·지급명세서’ 등 증빙이 부족하면 매입세액 불공제·가산세 부과 위험이 있으니, 전자세금계산서 포함 모든 증빙을 5년간 보관합니다.

요약: 두 사업을 동시에 운영할 경우, 회계·세무·증빙을 사업별로 명확히 구분하고, 각각의 매출·비용·세금계산서를 정확히 발행·보관하며, 관련 법령(화물자동차 운수사업법·부가가치세법)에서 요구하는 허가·신고·세무 절차를 모두 이행하는 것이 핵심입니다.