건강검진비를 차등 지원하면, 1️⃣ 법정 의무검진 범위 내 비용은 전액 복리후생비로 처리돼 근로소득에 포함되지 않으며 비과세입니다. 2️⃣ 의무검진을 초과하거나 직원·임원별로 검진 항목·금액을 다르게 지원한 경우, 차등 발생한 금액(초과·차액)은 근로소득으로 보아 급여에 포함하고 원천징수(소득세· 지방소득세)를 해야 합니다. 3️⃣ 차등 지원액에 대해서는 ‘차액이 사회통념·법정 검진 범위를 벗어나면 과세’라는 국세청 유권해석(서면2팀‑921, 2005‑06‑27)을 적용해 원천징수 영수증을 보관하고, 연말정산·법인세 신고 시 차액을 급여로 계상합니다.