구매확인서 발급 기한을 놓쳤더라도, 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 이내에 구매확인서가 발급되면 영세율 적용이 가능합니다. 이 경우, 당초 일반세금계산서를 발급하고 추후 구매확인서 발급일에 영세율세금계산서로 수정 발급해야 합니다. 만약 이 기한을 넘겨 구매확인서가 발급되면 영세율 적용이 어려워지며, 이미 발급한 영세율 세금계산서를 수정 발급해야 할 수 있습니다. 이 과정에서 가산세가 발생할 수 있으니 주의가 필요합니다.