비영리법인이 자산을 양도하여 발생하는 소득에 대해 세법에서는 법인세법에 따라 과세하고 있습니다. 다만, 비영리법인의 경우 자산 양도 시 발생하는 소득에 대해 소득세법상의 양도소득세 감면 규정을 직접적으로 적용받기는 어렵습니다. 이는 비영리법인이 법인세법의 적용을 받기 때문입니다.
비영리법인이 자산을 양도할 때, 해당 소득은 법인세법에 따라 법인세로 과세됩니다. 이때, 소득세법상의 양도소득세 계산 방식을 준용하여 법인세 과세표준을 계산할 수 있습니다. 하지만 조세특례제한법 등에 규정된 양도소득세 감면 규정은 원칙적으로 개인에게 적용되는 것이므로, 비영리법인이 이를 직접 적용받아 감면 혜택을 받는 것은 제한적입니다.
다만, 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용하던 자산을 양도하는 경우, 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 해당 자산의 처분으로 발생하는 소득은 법인세 과세 대상에서 제외될 수 있습니다. 이 경우, 자산이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용되었어야 합니다.