면세사업자인 산모신생아관리업은 어떻게 세금 처리가 되나요?

산모신생아 건강관리 서비스의 본인부담금에 대한 부가가치세 과세 여부를 두고 국세청과 보건복지부 간의 해석이 달라 논란이 있습니다.

결론적으로, 현재 산모신생아 건강관리 서비스의 본인부담금에 대한 세금 처리는 다음과 같은 상황에 놓여 있습니다.

1. 국세청 입장: 산모가 직접 부담하는 본인부담금은 과세 대상이라는 유권해석을 내렸습니다. 이에 따라 일부 지역에서는 관련 사업체에 대한 세무조사가 진행되기도 했습니다.
2. 보건복지부 및 관련 업계 입장: 산모신생아 건강관리 서비스는 「사회서비스 이용 및 이용권 관리에 관한 법률」에 따른 국가 바우처 사업으로, 다른 유사 사회복지서비스와 마찬가지로 부가가치세 면세 대상이라는 입장입니다. 보건복지부는 본인부담금에 대해서도 면세 적용이 타당하다는 공문을 발송한 바 있습니다.
3. 조세심판원 판례: 과거 조세심판원 결정(조심-2009-중-4194)에서는 바우처 방식의 사회복지서비스에 대해 면세로 판단한 사례가 있습니다. 그러나 최근 조세심판원 결정(조심2022구5970)에서는 바우처 외 산모 본인부담금으로 추가 수취한 금액이 면세 용역에 해당한다는 주장을 기각하며, 이는 바우처 방식에 부수되는 것이 아닌 별도의 거래로 볼 수 있다는 판단을 내리기도 했습니다.

이러한 상황으로 인해 산모신생아 건강관리 서비스 제공기관들은 혼란을 겪고 있으며, 명확한 세법 적용에 대한 논의가 계속되고 있습니다. 따라서 현재로서는 국세청의 과세 기조와 보건복지부 및 업계의 면세 주장이 대립하고 있는 상황임을 인지하시는 것이 중요합니다.