비영리법인의 경우에도 직원을 고용하여 급여를 지급하는 경우, 원천세 신고 의무가 발생합니다. 원천세 신고는 원천징수이행상황신고서를 작성하여 다음 달 10일까지 관할 세무서에 제출하고, 해당 세액을 납부하는 방식으로 이루어집니다.
만약 비영리법인이 여러 귀속연월의 소득을 같은 달에 지급하는 경우, 각 귀속연월별로 별지를 작성하여 제출해야 하며, 지급명세서도 함께 제출해야 합니다. 비영리법인이라 할지라도 수익사업을 영위하는 경우, 해당 수익사업에서 발생하는 소득에 대해서는 법인세 신고 의무가 발생할 수 있습니다.