샵인샵 운영 시 매출과 매입을 각각 구분하여 관리하기 위해서는, 각 사업자는 본인의 사업자등록번호로 매출 및 매입을 관리해야 합니다. POS 시스템이나 전자 계산대 등을 사용할 경우, 샵인샵과 본 매장으로 구분하여 설정하는 것이 중요합니다. 이렇게 구분하여 관리해야 추후 세무 조사 시 매출 누락으로 간주되는 것을 방지할 수 있습니다.
또한, 샵인샵 운영자는 본 매장에 지불하는 사용료(또는 임대료)를 비용으로 처리해야 하며, 이를 위해 세금계산서를 발급받거나 계약서 등을 통해 지출 증빙을 갖추어야 합니다. 본 매장 운영자는 임대수입에 대해 부가가치세 및 소득세(또는 법인세) 신고 대상이 됩니다.