이월된 세액공제액은 해당 과세연도 이후 10년 이내에 종료되는 각 과세연도에 적용하여 차감할 수 있습니다. 세액공제 적용 시에는 먼저 이월된 미공제 금액을 차감하고, 그 다음에 당해 연도의 공제 가능 금액을 차감하는 순서로 적용됩니다. 만약 여러 건의 이월된 세액공제액이 중복될 경우에는 먼저 발생한 순서대로 차감하게 됩니다.
또한, 국세기본법 제45조의2에 따라 과다 납부한 세액은 경정일이 속한 사업연도부터 이월공제가 가능하며, 조세특례제한법 제144조 제1항 및 제2항은 이월공제 기간을 10년 이내로 규정하고 중복 시 우선순위를 정하고 있습니다.