사업자 단위 과세 또는 주사업장 총괄 납부 제도를 적용받지 않는 경우, 본점과 지점 간의 거래에 대해 세금계산서 발행은 원칙적으로 재화 또는 용역이 실제로 공급되는 사업장에서 이루어져야 합니다.
질문하신 경우, 본점에서 계약, 발주, 대금 지급을 일괄 처리하고 지점에서 재화나 용역이 공급된다면, 세금계산서는 본점 또는 지점 중 어느 곳에서든 발행할 수 있습니다. 만약 본점에서 세금계산서를 발행하는 경우, 공급가액 범위 내에서 지점에서 실제 사용·소비된 사실을 비고란에 명시해야 합니다. 반대로 지점에서 발행하는 경우에는 지점 명의로 발행해야 합니다.
다만, 본점과 지점 간의 거래가 재화나 용역의 공급으로 보지 않는 경우(예: 사업자 단위 과세 적용 시 본점과 종된 사업장 간 거래)에는 별도의 세금계산서 발행이 필요하지 않습니다.