과거 국세청 유권해석과 현재 대법원 판례가 충돌하는 경우, 일반적으로 대법원 판례를 따르는 것이 원칙입니다. 대법원 판례는 법률 해석의 최종적인 권위를 가지며, 모든 국가 기관 및 국민은 이를 따라야 합니다.
국세청 유권해석은 과세 관청 내부의 세법 해석 및 집행 기준을 제시하는 행정규칙으로서, 법원이나 국민을 직접적으로 구속하는 법규의 효력은 없습니다. 따라서 유권해석이 대법원 판례와 상반될 경우, 납세자는 대법원 판례에 근거하여 세무 처리를 하는 것이 안전합니다.
다만, 국세청 유권해석이 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정받기는 어렵습니다. 또한, 과세 관청이 유권해석을 우선적으로 적용하는 경향이 있을 수 있으므로, 이러한 경우 법률 전문가와 상담하여 정확한 대응 방안을 모색하는 것이 중요합니다.