통관수수료는 일반적으로 제품의 취득원가에 포함하는 것이 타당합니다. 다만, 통관 업무를 별도의 서비스로 간주하여 지급수수료(비용) 계정으로 처리하는 것도 가능합니다. 어떤 방식으로 처리할지는 기업의 회계 정책 및 세무 조정에 따라 결정할 수 있습니다.
제품 원가에 포함하는 경우, 통관수수료는 해당 물품을 취득하기 위해 필수적으로 발생하는 비용으로 간주되어 매입세액 공제 및 손금산입이 가능합니다. 별도의 지급수수료로 처리하는 경우에도 세금계산서가 있다면 부가가치세는 별도로 처리할 수 있습니다.