85제곱미터 초과 주택을 생애최초로 취득하여 취득세 240만원 전액을 감면받은 경우, 농특세가 감면 전 농특세와 감면액의 2할을 합친 96만원이 아니라 감면액의 2할인 48만원만 부과되는 것이 맞나요?

생애최초 주택 구입에 따른 취득세 감면 시, 전용면적 85제곱미터 초과 주택에 대해 부과되는 농어촌특별세는 감면 전 산출세액을 기준으로 하는 것이 아니라, 감면액을 기준으로 산출된 금액만 부과되는 것이 맞습니다.

담당 공무원의 설명대로, 취득세가 전액 면제(감면율 100%)되는 경우 감면 전 취득세액에 부과되던 농어촌특별세는 사라지고, 감면받은 취득세액(240만 원)의 20%에 해당하는 금액(48만 원)만 농어촌특별세로 부과되는 것이 현행 세법상 올바른 계산 방식입니다.

그 이유는 다음과 같습니다.

1. 농어촌특별세의 이중적 부과 구조: 농어촌특별세는 '취득세액 자체에 부과되는 경우(10%)'와 '취득세 감면세액에 부과되는 경우(20%)'로 나뉩니다.
2. 감면 시 적용 원칙: 취득세가 감면되면 감면 전 취득세액에 부과되던 농어촌특별세(10%)는 취득세와 함께 면제되거나 사라지게 됩니다. 대신, 감면 혜택을 받은 만큼 그 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 별도 납부해야 합니다.
3. 결론: 귀하의 사례에서 취득세 240만 원을 전액 감면받았으므로, 감면 전 취득세액에 부과되던 농특세는 소멸하고, 감면액 240만 원의 20%인 48만 원만 농어촌특별세로 부과되는 것이 타당합니다. 따라서 96만 원이 아닌 48만 원을 납부하시는 것이 맞습니다.