일용근로소득 지급명세서를 신고할 때 기존에 신고된 내역이 삭제될 수 있다는 안내가 뜨는데, 근로내용 확인신고 내용이 삭제되는 것인가요?

근로복지공단에 제출한 '근로내용 확인신고서'와 국세청에 제출하는 '일용근로소득 지급명세서'는 서로 다른 법령에 따라 제출되는 별개의 자료이므로, 지급명세서를 추가로 신고한다고 해서 기존에 완료된 근로내용 확인신고 내역이 삭제되지는 않습니다.

지급명세서 제출 시 삭제 관련 안내가 뜨는 이유는 국세청 시스템상 동일한 소득자에 대해 여러 번 자료가 전송될 경우, 제출기한까지 최종적으로 전송된 자료를 유효한 자료로 인정하기 때문입니다. 즉, 기존에 신고된 내역을 포함하여 전체를 다시 제출하면 이전 자료가 덮어쓰기(수정)될 수 있다는 의미이지, 근로복지공단에 신고한 고용보험 관련 자료가 삭제된다는 뜻이 아닙니다.

따라서 다음과 같이 처리하시면 됩니다.

1. 추가 신고 시: 이미 신고가 완료된 대상자를 제외하고, 이번에 누락된 대상자만 별도로 신고하시면 됩니다. 이 경우 기존 신고분과 추가 신고분이 합산되어 국세청에 최종 자료로 관리됩니다.
2. 전체 재신고 시: 만약 전체 명단을 다시 제출하게 된다면, 국세청 시스템에는 최종 전송된 전체 명단이 유효한 자료로 남게 됩니다. 이 경우에도 근로복지공단 자료에는 영향을 주지 않습니다.

결론적으로 국세청 지급명세서 신고 과정에서 발생하는 안내는 국세청 내부의 자료 관리 방식에 대한 주의사항일 뿐, 근로복지공단에 이미 신고한 근로내용 확인신고 내역과는 무관하므로 안심하셔도 됩니다.