직원이 다른 회사로 파견되어 해당 회사의 업무만 전담할 때, 모회사가 급여를 대신 지급하면 비용으로 인정받지 못하나요?

법인이 소속 직원을 계열사 등에 파견하여 해당 파견받은 회사의 업무만을 전담하게 하는 경우, 원칙적으로 해당 인건비는 파견받은 회사가 부담해야 하며 모회사가 이를 대신 지급하면 모회사의 손금으로 인정받기 어렵습니다.

법인세법상 손비는 해당 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용이어야 합니다. 따라서 파견 직원이 모회사의 업무와 무관하게 파견받은 회사의 고유 업무만을 수행한다면, 모회사가 부담한 인건비는 모회사의 업무와 관련 없는 지출로 보아 손금불산입 처리될 수 있습니다. 이 경우 해당 금액은 귀속자에 따라 상여 등으로 소득처분될 수 있습니다.

다만, 다음과 같은 경우에는 예외적으로 손금 인정이 가능할 수 있습니다.

1. 업무의 관련성 입증: 파견 직원이 수행하는 업무가 모회사의 기술지도, 품질관리, 경영관리 등 모회사의 수익 창출이나 사업 운영과 실질적으로 관련이 있음을 객관적인 증빙으로 입증하는 경우 손금으로 인정받을 수 있습니다.
2. 합리적 배분: 파견 직원이 모회사의 업무와 파견받은 회사의 업무를 겸직하는 경우, 실제 기여도나 업무량에 따라 인건비를 합리적으로 배분하여 모회사가 부담하는 부분은 손금에 산입할 수 있습니다.

한편, 계열사 간 인력 파견과 관련하여 파견받은 회사가 인건비를 부담하는 경우, 이는 부가가치세법상 용역의 공급에 해당하지 않아 부가가치세 과세대상에서 제외된다는 점도 참고하시기 바랍니다.