이해하신 내용이 맞습니다. 퇴직금 지급 시 회계처리와 세무상 상계 처리는 별개의 관점에서 보아야 합니다.
회계적 처리 (실제 자금의 흐름) 퇴직금 1,600만 원을 지급할 때, 회사는 퇴직급여충당부채(장부상 부채)에서 1,300만 원을 차감하고, 퇴직연금운용자산(사외적립자산)에서 300만 원을 인출하여 지급한 것입니다. 즉, 실제 지급 재원은 두 곳에서 나누어 충당된 것이 맞습니다.
세무상 상계 처리 (법인세법상 규정) 법인세법상 '전액 퇴직급여충당금과 상계하였다'는 의미는, 세무조정 시 퇴직금 지급액 전액(1,600만 원)을 퇴직급여충당금의 감소액으로 보아 세무상 충당금 잔액을 줄이겠다는 뜻입니다.
결론적으로, 회계상으로는 자산(연금)과 부채(충당금)를 각각 줄여서 지급했지만, 세무상으로는 퇴직금 지급액 전체를 퇴직급여충당금의 감소로 보아 세무상 충당금 잔액을 조정하는 것입니다. 이는 퇴직급여충당금의 한도 계산 시 세무상 잔액을 정확히 산출하기 위한 절차입니다.