세무조사 방법은 조사의 목적과 실질에 따라 구분되며, 법원은 조사의 실질이 과세표준과 세액을 결정하기 위한 포괄적인 질문조사권 행사라면 장소와 명칭에 관계없이 '세무조사'로 보아 재조사 금지 원칙을 적용합니다.
소규모 사업자 등 조사 장소 마련이 어려운 경우, 조사 기간의 대부분을 세무관서 사무실에서 진행하여 납세자의 영업 자유를 보장하고 조사 부담을 줄이는 방식입니다. 다만, 사무실 조사라 하더라도 실질적으로 매출 누락 등을 확인하기 위해 장기간 포괄적인 질문조사를 수행했다면 이는 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당합니다.
세무조사 사전통지 절차 없이 단순히 과세자료의 오류를 확인하거나 해명을 요구하는 방식은 세무조사로 보지 않는 경우가 많습니다. 이는 납세자의 성실한 신고를 유도하기 위한 협조 요청의 성격이 강합니다.
세무조사 여부는 조사의 목적, 실시 경위, 질문의 대상과 방법, 획득한 자료의 규모 등을 종합적으로 고려하여 개별적으로 판단합니다. 단순한 사실관계 확인이나 통상적인 간단한 질문조사는 세무조사로 보지 않으나, 실질적으로 과세표준을 결정하기 위한 조사라면 장소와 명칭에 상관없이 엄격한 절차적 통제가 적용됩니다.