법인세법상 합병으로 인한 양도손익은 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세대상이며, 개인이 자산을 양도할 때 발생하는 양도소득세와는 별개의 개념입니다.
법인이 합병으로 해산하는 경우, 피합병법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 합병법인으로부터 받은 양도가액에서 순자산 장부가액을 뺀 금액을 양도손익으로 보아 익금 또는 손금에 산입합니다. 이는 법인의 사업연도 소득에 포함되어 법인세로 과세되는 것이지, 개인의 양도소득세처럼 별도의 세목으로 과세되는 것이 아닙니다.
다만, 법인이 보유한 주택이나 비사업용 토지 등을 양도하는 경우에는 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'가 추가로 과세될 수 있으며, 합병 시 적격합병 요건을 모두 갖춘 경우에는 피합병법인의 양도손익이 없는 것으로 보아 과세가 이연될 수 있습니다.