원천세 환급 신청 시 납부할 세액이 있으면 국세청에서 환급금을 지급하지 않고 납부세액에서 자동으로 차감하나요?

원천징수의무자가 환급받을 세액이 있는 경우, 관할 세무서장은 해당 원천징수의무자가 납부해야 할 다른 원천징수세액에 우선 충당하고 남은 금액을 환급하는 것이 원칙입니다.

국세기본법 및 소득세법에 따른 원천징수세액의 조정 및 환급 절차는 다음과 같습니다.

1. 조정환급: 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 세액에서 환급할 세액이 발생한 경우, 이를 다음 달 이후에 납부할 세액에서 차감하여 조정하는 것이 가능합니다. 이는 원천징수이행상황신고서에 충당·조정명세를 기재하여 신고함으로써 이루어집니다.
2. 충당: 세무서장은 국세환급금으로 결정된 금액을 납세자가 체납한 국세나 강제징수비에 우선 충당해야 합니다. 또한, 납세자가 납부고지에 의해 납부하는 국세나 자진납부하는 국세에 충당을 동의하거나 신청한 경우에도 해당 세액에 충당할 수 있습니다.
3. 직접 환급: 원천징수의무자가 환급액을 즉시 환급해 줄 것을 요구하거나, 납부할 세액이 없는 경우에는 세무서장이 즉시 환급 절차를 진행합니다.

따라서 질문하신 것처럼 납부할 세액이 있는 경우 국세청이 이를 자동으로 차감(충당)하는 것은 법령에 근거한 적법한 절차입니다. 다만, 이미 납부기한이 지난 과거의 수정신고 납부세액과 향후 발생할 환급세액을 임의로 상계하는 것은 불가능하며, 반드시 원천징수이행상황신고서상에서 정해진 조정 절차를 거쳐야 합니다. 임의로 상계하여 신고할 경우 신고 내용이 사실과 달라 가산세가 발생하거나 신고가 반려될 수 있으니 주의하시기 바랍니다.