등록세는 지방교육세 및 농어촌특별세와는 과세 목적과 성격이 다른 별개의 세금입니다.
등록세(등록에 대한 등록면허세): 재산권이나 그 밖의 권리의 설정·변경·소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록할 때 부과되는 독립적인 지방세입니다. 현재는 '등록에 대한 등록면허세'라는 명칭으로 운영됩니다.
지방교육세: 지방교육의 질적 향상을 위해 지방세(취득세, 등록면허세, 레저세 등)를 납부할 때 그 세액의 일정 비율(보통 20%)을 부가적으로 함께 신고·납부하는 부가세(Surtax)입니다. 즉, 등록면허세가 부과될 때 그에 부가되어 함께 징수되는 세금입니다.
농어촌특별세: 농어업의 경쟁력 강화와 농어촌 산업 기반 확충을 위한 재원을 확보하기 위해 부과되는 국세입니다. 특정 세목의 감면세액이나 취득세액 등에 대해 일정 비율로 부과되는 부가세 성격의 세금입니다.
결론적으로 등록세는 그 자체로 과세되는 독립세인 반면, 지방교육세와 농어촌특별세는 특정 세목의 납부 시점에 그에 부가되어 함께 납부하는 부가세적 성격을 가지고 있습니다.