종중이 부동산을 양도할 때 발생하는 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'는 법인의 부동산 투기를 억제하기 위해 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 별도로 추가 납부하는 세금입니다. 종중이 비영리내국법인으로서 비사업용 토지나 일정 요건의 주택(부수토지 포함) 및 주택을 취득하기 위한 권리(조합원입주권, 분양권)를 양도하는 경우 이 세액을 추가로 신고·납부해야 합니다.
종중이 수익사업을 하지 않는 비영리내국법인으로서 자산양도소득에 대한 특례 신고를 하는 경우에도, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 별도로 신고·납부해야 합니다. 다만, 소득세법상 가중세율을 적용받는 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납부 의무가 면제될 수 있습니다.