농민들과의 거래에서 부가가치세 공제를 받으려면 어떻게 해야 하나요?

농민(농어민)으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우, 제조업을 영위하는 사업자라면 일정 요건 아래 의제매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 다만 음식점업 등 제조업 외의 업종을 영위하는 사업자가 계산서 등을 발급할 수 없는 농어민과 직접 거래한 분은 매입가액에서 제외되므로, 업종과 거래 증빙에 따라 공제 가능 여부가 달라집니다.

적용 요건

• 사업자등록을 한 부가가치세 과세사업자일 것
• 면세로 공급받은 농산물·축산물·수산물·임산물일 것
• 해당 농산물을 원재료로 하여 재화를 제조·가공하거나 용역을 창출할 것
• 그 결과물의 공급이 과세될 것

농민 직접 거래 시 특징

• 농어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우, 제조업을 경영하는 사업자는 의제매입세액 공제신고서만 제출하면 됩니다(부가가치세법 시행령 제84조제5항 단서).
• 농어민은 작물 재배업·축산업·임업·어업·소금 채취업에 종사하는 개인을 말합니다(부가가치세법 시행령 제84조제6항).
• 제조업 외의 업종을 영위하는 사업자가 계산서 등을 발급할 수 없는 농어민과 직접 거래한 분은 매입가액에서 제외합니다(해설서 체크리스트 기준).

공제액 계산

• 의제매입세액 = 면세농산물등의 가액 × 공제율
• 매입가액은 운임 등 부대비용을 제외한 금액으로 하고, 수입 농산물등은 관세의 과세가격을 기준으로 합니다.
• 공제율은 업종·사업자 유형에 따라 다르며, 예를 들어 음식점업 개인사업자는 8/108(과세표준 2억원 이하는 2026년 12월 31일까지 9/109), 제조업 중소기업·개인사업자는 4/104, 개인 과자점·도정·제분·떡방앗간은 6/106, 그 외는 2/102 등이 적용됩니다.

제출 서류 및 시기

• 의제매입세액 공제신고서와 함께 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서, 매입자발행계산서합계표 등 증명서류를 제출해야 합니다.
• 공제 시기는 면세농산물등을 공급받은 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고 때입니다.
• 예정신고 때 서류를 못 내면 확정신고 때 제출하여 공제받을 수 있고, 이후 수정신고·경정청구·기한후 신고 등으로도 구제될 수 있습니다.

주의할 점

• 간이과세자는 2021년 7월 1일 이후 공급받는 분부터 의제매입세액 공제가 불가합니다.
• 과·면세 겸영 사업자는 실지 귀속에 따라 공제대상을 구분하고, 불분명하면 안분계산합니다.
• 공제받은 면세농산물등을 그대로 양도하거나 면세사업 등에 사용하면 그 공제액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제해야 합니다.

현재 질문만으로는 사업자 유형(과세/간이과세, 개인/법인, 업종), 거래 형태(직접 공급 여부), 공급받은 품목의 용도(제조·가공 여부) 등이 명확하지 않아 정확한 적용 여부를 단정하기 어렵습니다. 위 요건을 기준으로 실제 거래 내역과 업종을 맞춰 확인해 보시는 것이 좋습니다. 최신 개정 사항은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.