과다 신고한 매입세액을 수정신고로 바로잡는 경우, 그 수정 자체가 새로운 가산세를 만드는 것은 아니지만, 원래 신고에서 발생한 과소신고·초과환급신고가산세는 그대로 남을 수 있고, 수정신고를 하면 그 가산세를 일정 비율 감면받을 수 있습니다. 다만 과세관청이 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 하면 감면이 배제됩니다.
과다 신고한 매입세액은 환급세액을 실제보다 많이 신고한 경우에 해당할 수 있어, 국세기본법상 과소신고·초과환급신고가산세 대상이 될 수 있습니다. 이 가산세는 부정행위가 없으면 과소신고납부세액등의 10%, 부정행위가 있으면 그 부분에 대해 더 높은 율이 적용됩니다.
법정신고기한까지 신고한 사업자가 기한 후 수정신고를 하면, 과소신고·초과환급신고가산세에 대해 기한 경과에 따라 감면이 적용됩니다. 감면율은 일반적으로 법정신고기한 후 1개월 이내 90%, 1개월 초과 3개월 이내 75%, 3개월 초과 6개월 이내 50%, 6개월 초과 1년 이내 30%, 1년 초과 1년 6개월 이내 20%, 1년 6개월 초과 2년 이내 10%입니다.
수정신고로 인한 가산세 감면은 과소신고·초과환급신고가산세에만 적용되고, 납부지연가산세 등 다른 가산세에는 적용되지 않을 수 있습니다. 또한 수정신고만 하고 추가납부할 세액을 내지 않으면 감면이 적용되지 않을 수 있으므로, 부족한 세액과 함께 납부하는 것이 중요합니다.
신용카드매출전표등 수령명세서에 공급가액을 과다하게 적어 매입세액을 공제받은 경우에는 부가가치세법에서 정한 별도의 가산세(과다하게 적은 공급가액의 0.5%)가 적용될 수 있습니다. 이 부분은 매입세액 과다신고의 원인이 된 증빙 유형에 따라 달라집니다.
단순히 과다 신고한 매입세액을 수정하는 행위만으로 새로운 가산세가 자동으로 부과되는 것은 아니지만, 원래 신고 내용에 따라 이미 발생한 가산세가 있는지, 그리고 수정신고 시점과 추가납부 여부에 따라 감면이 달라지는 점을 함께 확인해야 합니다. 실제 적용 여부는 과세기간, 신고 유형, 과다신고 원인, 부정행위 여부, 경정 예고 여부 등에 따라 달라질 수 있습니다.