의제매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 사용하면 어떻게 되나요?

의제매입세액을 공제받은 면세농산물등을 그대로 양도·인도하거나, 부가가치세가 면제되는 재화·용역을 공급하는 사업 등 그 밖의 목적에 사용·소비하면 공제받은 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제해야 합니다.

1. 재계산 대상

   • 면세농산물등을 공급받을 때 의제매입세액을 공제받았더라도, 이후 해당 재화를 과세재화·과세용역의 원재료로 사용하지 않고 면세사업등에 전용하면 공제받은 의제매입세액을 다시 납부해야 합니다.
   • 구성부분의 일부만 과세사업에 사용하고 나머지를 그대로 양도·인도하는 경우에도, 양도한 부분에 해당하는 공제액은 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제합니다. 이때 양도한 부분의 취득가액을 구분할 수 없으면 양도가액을 기준으로 계산할 수 있습니다.

2. 전용 시 신고 방법

   • 면세사업등으로 전용한 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고 시에 추가 납부합니다.
   • 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 공통매입세액 안분계산 규정을 준용하여, 해당 면세원재료가 과세재화·과세용역과 면세재화·면세용역 중 어디에 사용되었는지를 구분해 의제매입세액 공제대상 여부를 판단합니다.

3. 겸업자의 원재료 구분 기준

   • 과세기간 종료일까지 실지귀속에 따라 공제대상 원재료를 구분하고, 차기이월 원재료는 용도가 불분명하므로 공통매입세액 안분계산 규정을 준용합니다.
   • 이때는 해당 사업장에서 매입한 면세원재료로 만든 과세재화·과세용역과 면세재화·면세용역의 총공급가액 대비 과세재화·과세용역 공급가액 비율로 공제대상 원재료를 구분합니다.

4. 공제받은 뒤 그대로 양도하는 경우

   • 면세농산물등을 그대로 양도·인도하거나 면세사업등에 사용하면, 당초 공제받은 의제매입세액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제해야 합니다.

5. 실무상 유의점

   • 의제매입세액 공제 대상이 되는 것은 면세로 공급받은 농산물·축산물·수산물·임산물(1차 가공을 거친 것, 미가공식료품 및 소금 포함)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우입니다.
   • 면세농산물등 자체가 부패해 사용하지 못한 경우는 의제매입세액 공제가 불가하지만, 이를 원재료로 제조·생산한 과세재화가 부패·폐기되거나 화재로 소실된 경우는 공제가 가능합니다.
   • 공제받은 면세농산물등을 과세재화·과세용역의 원재료로 사용하지 않고 면세재화·면세용역의 원재료로 전용하면 전용한 날이 속하는 신고 시 추가 납부합니다.

관련 근거는 부가가치세법 시행령 제84조 제4항, 부가가치세법 제10조 제1항, 부가가치세법 제40조 및 공통매입세액 안분 규정, 그리고 집행기준 42-84-8·42-84-9에서 확인할 수 있습니다.