재개발 주상복합 시행 시 과면세 비율이 변경되면 3년 전부터 부가세 수정신고를 해야 하나요? 또한 토지소유자 분양 물건은 과면세 비율 산정 시 면적에서 제외해야 하나요?

과·면세 비율 변경이 있다고 해서 무조건 3년 전부터 수정신고를 해야 하는 것은 아닙니다. 부가가치세에서 과·면세 비율 변경에 따른 수정신고(납부세액 또는 환급세액 재계산)는 감가상각자산에 대한 공통매입세액을 안분한 뒤, 그 취득일이 속하는 과세기간의 비율과 비교해 차이가 5% 이상일 때 해당 과세기간의 확정신고와 함께 다시 계산해 신고·납부하는 절차입니다. 따라서 3년 전 과세기간까지 소급해 수정신고를 해야 하는지는, 변경 전후 비율 차이가 5% 이상인지와 재계산 대상 자산·과세기간이 무엇인지에 따라 달라집니다.

1. 과·면세 비율 변경 시 수정신고 범위

• 공통매입세액 안분 후 감가상각자산(건물·구축물 등)의 매입세액을 공제받았고, 이후 과세기간의 총공급가액 대비 면세공급가액 비율 또는 총사용면적 대비 면세사용면적 비율이 취득 당시 적용했던 비율과 5% 이상 차이가 나면 재계산 대상이 됩니다.
• 재계산은 차이가 발생한 과세기간의 확정신고와 함께 신고·납부하며, 건물·구축물은 경과된 과세기간 수가 최대 20기, 그 밖의 감가상각자산은 최대 4기를 한도로 체감률을 적용합니다.
• 다만 재화를 공급하는 시점에는 해당 재화에 대한 재계산을 하지 않는 규정도 있으므로, 단순히 비율만 바뀌었다고 모든 과거 과세기간을 다시 수정신고해야 하는 것은 아닙니다.

2. 토지소유자 분양 물건의 면적 제외 여부

• 과·면세 비율 산정은 원칙적으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액 또는 사용면적을 기준으로 합니다.
• 토지소유자에게 분양하는 물건이 과세사업인지 면세사업인지, 그리고 그 공급가액·사용면적이 공통매입세액 안분 기준에 포함되는지는 해당 분양의 성격과 실제 사용 용도에 따라 달라집니다.
• 특히 토지는 원칙적으로 매입세액 공제와 관련된 대상에서 제외되는 부분이 있으므로, 단순히 “토지소유자 분양”이라는 이유만으로 면적을 일률적으로 제외한다고 단정하기는 어렵습니다.

정리하면, 과·면세 비율 변경이 있으면 차이 5% 이상 여부와 대상 자산·과세기간을 먼저 확인해야 하고, 토지소유자 분양 물건의 면적 처리도 해당 분양의 과세·면세 구분과 실제 사용면적 기준에 따라 판단해야 합니다. 구체적인 과세기간, 자산 종류, 분양 내역, 공급가액·사용면적 자료가 있어야 정확한 범위를 정할 수 있습니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.