사업 포괄양수도 시 의무 보유 기간 승계 여부는 세목과 사업 유형에 따라 크게 달라집니다. 부가가치세에서는 사업장별로 모든 권리·의무를 포괄적으로 승계하면 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않으며, 미수금·미지급금·사업과 직접 관련 없는 토지·건물 등을 제외하고 승계해도 포괄적 양도로 볼 수 있습니다. 다만 사업양수인이 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수·납부한 경우는 예외입니다.
반면 종합부동산세 합산배제 임대주택의 임대기간 같은 의무 보유 기간은 포괄양수도만으로 자동 승계되지 않는 것이 원칙입니다. 상속·합병·분할·조직변경이나 재건축·재개발·리모델링 등 법령에서 정한 예외 사유에 해당할 때만 전후 임대기간을 합산할 수 있고, 일반적인 사업 포괄양수도나 임대사업자 지위 승계만으로는 양도인의 보유기간·임대기간을 양수인의 기간에 합산하지 않습니다. 특히 건설임대주택을 포괄 양수한 경우에도 양수인이 해당 주택을 보유한 기간을 한도로 임대기간을 판단하며, 양도인의 보유기간까지 합산하지는 않습니다.
따라서 의무 보유 기간 승계가 문제되는 상황이라면, 먼저 어떤 세목의 어떤 요건인지(부가가치세 사업양도 여부, 종합부동산세 합산배제 임대기간, 양도소득세 중과배제 임대기간 등)를 구분해야 합니다. 같은 포괄양수도라도 세목별로 승계 인정 여부와 기산일이 다르므로, 실제 계약일·취득일·임대개시일·등록일 등 시점 자료를 기준으로 개별 판단이 필요합니다.
최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.