사업자가 세금계산서를 발행하는 경우 원천징수 영수증을 작성하지 않아도 되나요?

세금계산서를 발행했다고 해서 원천징수 영수증 작성·발급 의무가 자동으로 없어지는 것은 아닙니다. 두 서류는 과세 목적이 달라서, 세금계산서 발급 여부와 원천징수영수증 발급 여부는 각각 따로 판단해야 합니다.

1. 세금계산서와 원천징수영수증은 별개 서류

• 세금계산서는 재화·용역 공급 시 부가가치세를 거래징수한 사실을 증명하는 계산서입니다.
• 원천징수영수증은 이자·배당·사업·근로·퇴직·기타소득 등을 지급할 때 소득세를 원천징수한 사실을 소득자에게 알려 주는 서류입니다.
• 따라서 같은 거래에서 세금계산서를 발급했더라도, 그 지급이 원천징수 대상 소득에 해당하면 원천징수영수증도 발급해야 합니다.

2. 원천징수영수증을 발급한 것으로 보는 경우

• 사업자가 용역을 공급받는 자로부터 원천징수영수증을 발급받는 것은 소득세법상 계산서를 발급한 것으로 봅니다.
• 즉, 이 규정은 “원천징수영수증을 받으면 계산서 발급 의무를 대신할 수 있다”는 방향이고, “세금계산서를 발행하면 원천징수영수증을 안 써도 된다”는 반대 방향의 일반 규칙은 아닙니다.

3. 원천징수영수증 발급 자체가 면제될 수 있는 경우

• 이자·배당소득은 지급 시 원천징수영수증을 발급하는 것이 원칙이지만, 계좌별로 1년간 발생한 이자·배당소득이 100만원 이하이면 발급하지 않을 수 있습니다.
• 다만 소득자가 발급을 요구하거나 일정 요건에 따라 원천징수영수증을 발급하는 경우에는 발급·통지해야 합니다.
• 이자·배당소득은 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 31일까지 금액 등을 통지하면 원천징수영수증을 발급한 것으로 볼 수 있습니다.

4. 실무에서 헷갈리기 쉬운 점

• 세금계산서를 발급하는 거래라도, 그 대가가 원천징수 대상 사업소득·기타소득·근로소득 등이라면 해당 소득에 맞는 원천징수영수증을 따로 발급해야 합니다.
• 반대로 원천징수 대상 소득이 아닌 거래라면 원천징수영수증 자체가 생기지 않으므로, 세금계산서만 발급하면 됩니다.
• 어떤 소득이 원천징수 대상인지, 지급 시기와 발급 기한이 언제인지는 소득 종류별로 다르므로 거래 내용을 먼저 구분해야 합니다.

정리하면, 세금계산서 발행만으로 원천징수영수증 작성·발급 의무가 사라진다고 볼 수는 없고, 해당 지급이 원천징수 대상 소득인지와 소득 종류별 발급 요건·기한을 따로 확인해야 합니다.