매출누락 수정신고 시 과소신고가산세(국세기본법 제47조의3)는 법정신고기한 경과 후 일정 기간 내에 수정신고하면 감면받을 수 있지만, 납부지연가산세(국세기본법 제47조의4)는 수정신고만으로는 감면되지 않습니다.
과소신고가산세 감면 기준(국세기본법 제48조제2항제1호): 법정신고기한까지 신고한 자가 기한 후 수정신고한 경우, 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내 90%, 1개월 초과 3개월 이내 75%, 3개월 초과 6개월 이내 50%, 6개월 초과 1년 이내 30%, 1년 초과 1년 6개월 이내 20%, 1년 6개월 초과 2년 이내 10%를 감면합니다. 다만 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우는 감면되지 않습니다.
납부지연가산세: 미납부세액 또는 초과환급세액에 경과일수와 이자율을 곱해 계산하며, 수정신고로 감면되는 대상이 아닙니다. 실제 납부일까지 일할 계산되므로, 과소신고를 발견하면 가능한 한 빨리 수정신고와 함께 추가 납부하는 것이 유리합니다.
예정신고 관련 특례: 예정신고기한까지 신고했으나 과소신고한 경우 확정신고기한까지 수정신고하면 해당 과소신고가산세의 50%를 감면받을 수 있고, 예정신고를 하지 않았더라도 확정신고기한까지 기한 후 신고하면 무신고가산세의 50%를 감면받을 수 있습니다(국세기본법 제48조제2항제3호 다목·라목).
감면 배제 사유: 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 제출하거나, 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고서를 제출한 경우에는 감면이 적용되지 않습니다(국세기본법 시행령 제29조).
따라서 매출누락 수정신고에서는 과소신고가산세 감면은 신고 시점에 따라 달라지고, 납부지연가산세는 별도로 감면되지 않는다는 점을 함께 고려해야 합니다.