농가주택이 주택수 포함 중과세 대상에서 제외되는 요건은 무엇인가요?

농가주택이 주택 수 계산에서 제외되어 중과세 대상에서 빠지려면, 먼저 어떤 세금과 어떤 규정을 보는지 구분해야 합니다. 질문에서 말하는 ‘중과세 대상 제외’는 크게 ① 양도소득세 1세대 3주택 이상 중과세, ② 1세대 2주택·입주권·분양권 중과세, ③ 종합부동산세 세율 적용 시 주택 수 계산에서 제외되는 경우로 나뉩니다.

1. 농어촌주택(조특법 §99의4) 특례를 통한 주택 수 제외

• 1세대가 2003년 8월 1일부터 2028년 12월 31일까지의 기간 중에 농어촌주택 1채를 취득(자가 건설 포함)하여 3년 이상 보유하고, 그 농어촌주택 취득 전에 보유하던 일반주택을 양도하는 경우, 그 농어촌주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 §89①③(1세대 1주택 비과세)을 적용합니다.
• 농어촌주택 요건은 다음과 같습니다.
  • 지역 요건: 취득 당시 수도권(서울·인천·경기), 도시지역(국토계획법상 도시지역), 조정대상지역, 허가구역, 관광단지 등 제외 지역에 해당하지 않는 곳으로서 읍·면 또는 인구 20만 명 이하 시의 동 지역에 소재해야 합니다. 다만 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려해 대통령령으로 정하는 일부 지역은 도시지역 예외에 포함될 수 있습니다.
  • 일반주택과의 거리 요건: 취득한 농어촌주택과 보유하던 일반주택이 행정구역상 같은 읍·면·동 또는 연접한 읍·면·동에 있으면 특례를 적용하지 않습니다.
  • 면적·가액 요건: 대지면적 660㎡ 이내 요건은 2021년 1월 1일 이후 양도분부터 삭제되었습니다. 주택 및 부수토지의 기준시가 합계액이 취득 당시 3억 원 이하(한옥은 4억 원 이하)여야 하며, 이 가액 기준은 2023년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다.
  • 보유기간: 농어촌주택을 3년 이상 보유해야 합니다. 다만 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도해도 특례는 적용됩니다.
• 사후관리: 특례를 적용받은 뒤 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 않게 되면, 그 보유하지 않게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과소 납부한 세액을 양도소득세로 납부해야 합니다. 다만 수용(협의매수 포함), 사망으로 인한 상속, 멸실 등 부득이한 사유가 있으면 예외가 인정됩니다.
• 신청: 과세특례를 적용받으려는 자는 소득세법 §105 또는 §110에 따른 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 과세특례신고서를 제출해야 합니다.

2. 1세대 3주택 이상 중과세에서 제외되는 주택(소득세법 시행령 §167의3)

• 수도권 및 광역시·특별자치시(광역시 소속 군, 읍·면, 세종특별자치시 읍·면 제외) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 부수토지의 기준시가 합계액이 양도 당시 3억 원을 초과하지 않는 주택은 1세대 3주택 이상 주택 수 계산에서 산입하지 않습니다.

3. 1세대 2주택·입주권·분양권 중과세에서 제외되는 주택(소득세법 시행령 §167의11)

• 수도권 및 광역시·특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택·입주권·분양권으로서 양도 당시 기준시가 등이 3억 원을 초과하지 않는 것은 주택 수 계산에서 산입하지 않습니다.
• 소형 신축주택(전용면적 60㎡ 이하, 취득가액 수도권 6억·비수도권 3억 이하, 준공 2024.1.10.~2027.12.31., 아파트 제외 등)과 비수도권 준공 후 미분양주택(전용 85㎡ 이하, 6억 이하, 취득 2024.1.10.~2026.12.31. 등)은 일정 요건 충족 시 주택 수 계산에서 제외하고 중과세율도 적용하지 않습니다.

4. 종합부동산세 세율 적용 시 주택 수에서 제외되는 경우(종부령 §4의3③)

• 상속주택(과세기준일 현재 상속개시일부터 5년 미경과, 지분율 40% 이하, 지분율에 상당하는 공시가격 6억 원 이하 등), 무허가주택 부속토지, 1세대 1주택자가 함께 소유한 신규주택·지방 저가주택, 소형 신축주택, 비수도권 준공 후 미분양주택 등은 세율 적용 시 주택 수에서 제외합니다. 다만 이는 과세표준 합산 대상 주택 범위에서 제외되는 것과는 다를 수 있습니다.

5. 농가주택 관련 농어촌특별세 비과세(농어촌특별세법 시행령 §4⑥)

• 영농에 종사하는 자가 영농을 위하여 소유하는 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로서 농지의 소재지와 동일한 시·군·구 또는 연접한 시·군·구 지역에 소재하는 것은 ‘농가주택’으로 보며, 고가주택(소득세법 시행령 §156에 따른 고가주택)은 제외됩니다. 이는 농어촌특별세 비과세와 관련된 개념입니다.

정리하면, 농가주택이라고 해서 자동으로 중과세 대상에서 제외되는 것은 아니고, ① 어떤 세목의 어떤 중과세 규정인지, ② 소재지·가액·보유기간·일반주택과의 관계 등 개별 요건을 충족하는지, ③ 사후관리 요건(3년 보유 등)을 지킬 수 있는지에 따라 달라집니다. 특히 농어촌주택 특례는 일반주택 양도 시점에 적용하는 구조이므로, 취득 시점과 양도 시점, 일반주택 보유 상황을 함께 확인해야 합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.