종업원분 주민세는 지방자치단체에 소재한 사업소의 종업원에게 지급한 급여 총액을 과세표준으로 하므로, 급여를 누가 지급했는지가 아니라 해당 사업소에서 근무하는 종업원에게 지급된 급여인지가 핵심입니다. 따라서 본사에서 급여를 지급하더라도, 그 직원이 지방자치단체에 소재한 국내 사업소에 근무하면서 받는 급여라면 원칙적으로 해당 사업소분 종업원분 주민세 과세대상에 포함될 수 있습니다.
다만, 과세표준이 되는 급여총액에는 비과세 근로소득이나 출산전후휴가·육아휴직 기간 중 받는 급여, 일정 요건을 충족하는 근속수당 등 법령에서 제외하는 급여가 있으므로 실제 과세대상 금액은 급여 항목별로 구분해야 합니다. 또한 본사·지점 간 급여 정산 방식, 계약 형태, 근무지 귀속에 따라 해당 사업소의 급여로 보는지가 달라질 수 있어 사실관계가 중요합니다.
결론적으로, 본사 지급이라는 이유만으로 종업원분 주민세가 면제되지는 않으며, 국내 사업소 근무 종업원에게 귀속되는 급여라면 과세대상에 포함될 가능성이 높습니다. 정확한 판단은 급여 지급 구조, 근무 장소, 계약의 실질을 함께 확인해야 합니다.