부가세 기한후 신고 시 정상적으로 수취한 매입세금계산서의 부가세 공제가 가능한가요?

원칙적으로 가능합니다. 다만 기한후 신고 자체만으로 공제가 자동으로 확정되는 것은 아니고, 적법하게 발급받은 세금계산서와 매입처별 세금계산서합계표 제출 등 공제 요건을 갖춰야 하며, 요건을 갖추지 못한 부분은 불공제되거나 가산세가 붙을 수 있습니다.

결론부터 보면

• 부가가치세법 제38조제1항제1호에 따라, 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제합니다.
• 다만 같은 법 제39조제1항은 세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 누락·사실과 다르게 적힌 경우, 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않았거나 등록번호·공급가액이 누락·사실과 다르게 적힌 경우 등은 매입세액을 공제하지 않는다고 규정합니다.

기한후 신고와 매입세액 공제의 관계

• 기한후 신고는 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 자가 관할 세무서장이 세액을 결정·통지하기 전까지 제출할 수 있는 절차입니다(국세기본법 제45조의3제1항).
• 기한후 과세표준신고서는 세법에서 정하는 바에 따라 제출하며(국세기본법 시행령 제25조의4), 부가가치세 신고 시 매입처별 세금계산서합계표도 함께 제출해야 합니다(부가가치세법 제54조제1항).
• 따라서 기한후 신고를 하더라도 적법한 세금계산서를 수취하고 매입처별 세금계산서합계표를 정상 제출하면, 그 매입세액은 공제 대상이 될 수 있습니다.

놓치기 쉬운 불공제·가산세 포인트

• 세금계산서를 아예 발급받지 않았거나, 필요적 기재사항(공급자 등록번호·성명, 공급받는 자 등록번호, 공급가액과 세액, 작성 연월일 등)이 누락되거나 사실과 다르게 적힌 분은 원칙적으로 공제되지 않습니다.
• 다만 착오로 사실과 다르게 적혔더라도 발급받은 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 예외에 해당하면 공제가 가능할 수 있습니다(부가가치세법 제39조제1항제2호 단서, 같은 법 시행령 제75조).
• 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않았거나 등록번호·공급가액이 누락·사실과 다르게 적힌 경우에도 원칙적으로 해당 부분 매입세액은 공제되지 않지만, 수정신고·경정청구·기한후 신고 시 제출하거나 세금계산서로 거래사실이 확인되는 경우 등 예외 사유가 있으면 공제가 가능할 수 있습니다(부가가치세법 제39조제1항제1호 단서, 같은 법 시행령 제74조).
• 세금계산서를 발급시기가 지난 후 수취했거나 합계표 제출이 늦어진 경우에는 공제가 되더라도 가산세가 별도로 부과될 수 있습니다(부가가치세법 제60조).

실무에서 확인할 것

• 해당 세금계산서가 공급시기에 맞게, 필요적 기재사항이 제대로 적혀 적법하게 발급된 것인지
• 매입처별 세금계산서합계표를 기한후 신고와 함께 제출할 수 있는지, 누락·오류가 없는지
• 지연수취·지연제출 등에 해당해 가산세가 붙는지 여부

질문만으로는 거래 시기, 세금계산서 발급·수취 시점, 합계표 제출 가능 여부 같은 세부 조건이 확인되지 않으므로, 실제 신고 전에는 위 요건을 하나씩 확인하는 것이 좋습니다. 최신 개정 사항은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.