추징된 세액 자체를 새로운 세액공제액으로 이월해 공제받는 것은 원칙적으로 불가능합니다. 다만, 추징 사유가 발생한 경우에도 기존에 이월해 두었던 미공제 세액공제액이 있다면, 그 이월공제액은 별도로 남아 이후 과세연도에 공제받을 수 있습니다. 즉, 추징은 이미 공제받았거나 잘못 적용된 세액을 되돌려 납부하는 것이고, 이월공제는 해당 과세연도에 공제받지 못한 금액을 다음 과세연도로 넘겨 공제받는 제도라서 서로 성격이 다릅니다.
실무에서 자주 혼동되는 지점은 고용증대 세액공제처럼 이월공제와 사후관리 추징이 함께 적용되는 경우입니다. 이런 제도에서는 추징세액이 발생하면 먼저 해당 과세연도에 실제 공제받은 세액을 한도로 추가 납부하고, 나머지 추징세액은 기존에 이월되어 있던 미공제 세액공제액에서 차감하는 방식으로 처리됩니다. 따라서 추징이 발생했다고 해서 이월공제 제도 자체가 사라지는 것은 아니고, 추징세액 정산 과정에서 이월공제액이 줄어들 수 있습니다.
반대로 성실신고 확인비용 세액공제처럼 추징이 발생하면 일정 기간 동안 해당 공제를 적용하지 않는 제재 규정이 있는 경우도 있습니다. 이 경우는 추징과 함께 향후 공제 적용이 제한되므로, 단순히 이월 가능 여부만이 아니라 해당 공제제도의 추징 후 적용 제한 규정까지 함께 확인해야 합니다.
정리하면, 추징된 세액을 이월공제처럼 다시 공제받는 것은 되지 않지만, 추징과 별개로 남아 있는 미공제 이월액은 일정 요건 아래 이후 과세연도에 공제될 수 있습니다. 다만 어떤 세액공제인지, 추징 사유가 무엇인지, 해당 제도에 추징 후 공제 배제나 이월액 차감 규정이 있는지에 따라 결과가 달라지므로, 실제 과세연도와 적용받은 공제 항목을 기준으로 확인해야 합니다.