결론부터 말씀드리면, 23·24·25년 귀속분은 각각 해당 사업연도별로 법인세 수정신고를 하는 것이 원칙이고, 25년 귀속분에만 몰아서 일괄 처리하는 방식은 일반적으로 적절하지 않습니다. 26년 분개는 선수금에서 가지급금으로 대체하는 회계처리를 하고, 세무조정은 가지급금 인정이자 익금산입과 소득처분(상여)을 중심으로 검토하게 됩니다.
질문 내용만으로는 23·24·25년 각 사업연도의 신고기한 경과 여부, 선수금과 가지급금의 실질 관계, 인정이자 계산의 세부 조건까지 확정하기 어렵습니다. 실제 수정신고와 분개를 진행하기 전에 해당 연도의 신고·경정 상태와 자금 거래의 실질을 기준으로 세무전문가와 함께 연도별 반영 여부를 확인하시는 것이 안전합니다.