맞습니다. 사업자등록증상 업종이 제조업이고 과자점업·도정업·제분업·떡류 제조업 중 떡방앗간에 해당하지 않는 중소법인이라면, 면세농산물등 의제매입세액 공제율은 4/104가 적용됩니다.
즉, 소금빵 등을 제조하는 빵공장이라도 ① 개인/법인 여부, ② 중소기업 해당 여부, ③ 세부 업종이 6/106 대상인지에 따라 공제율이 달라집니다. 질문하신 경우처럼 제조업 중소법인이고 6/106 대상 세부 업종에 해당하지 않으면 4/104가 맞습니다.
다만 실제 적용 여부는 다음 요건도 함께 충족해야 합니다.
공제율뿐 아니라 공제한도도 사업자 유형과 과세표준 구간에 따라 달라지므로, 실제 공제액은 한도 내에서 계산됩니다. 최신 개정 사항(우대 공제한도 적용기한 등)은 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.