취득세는 원칙적으로 취득 당시의 사실상 현황에 따라 부과하되, 사실상 현황이 분명하지 않으면 공부상 등재 현황에 따라 부과합니다. 따라서 공부상 지목이 농지(전·답·과수원 등)라도 취득 당시 실제 이용 현황이 대지라면 농지 취득세율이 아니라 대지 등 일반 취득세율이 적용될 수 있습니다.
다만 취득세율 특례가 적용되는 농지는 단순히 지목만 농지인 경우가 아니라, 취득 당시 공부상 지목이 논·밭·과수원(또는 목장용지)이면서 실제 농작물 경작이나 다년생식물 재배지로 이용되는 토지여야 합니다. 즉, 공부상 지목이 농지라고 해서 무조건 농지 세율이 적용되는 것은 아니고, 취득 시점의 실제 이용 현황이 농지인지가 함께 판단 기준입니다.
실무에서는 취득 당시 현장 이용 현황, 사진·출장보고서, 경작 여부, 건축물 부지 사용 여부 등이 쟁점이 되므로, 취득 시점의 실제 용도를 기준으로 판단해야 합니다. 취득 후 공부상 지목을 대지로 변경했다는 사정만으로 새로운 취득으로 보아 취득세를 다시 부과하는 것은 아니며, 지목 변경으로 가액이 증가한 경우에 한해 간주취득 문제가 생길 수 있습니다.
결론적으로, 공부상 지목이 농지인 토지를 사실상 대지로 사용한다면 취득 당시 사실상 현황이 대지라면 농지 세율이 아니라 일반 취득세율이 적용되고, 사실상 현황이 불분명하면 공부상 지목에 따라 판단하게 됩니다.