국민바우처로 지원받은 100만원은 본인이 직접 부담한 의료비가 아니므로, 그 바우처를 사용해 지출한 의료비는 연말정산 의료비 세액공제 대상에서 제외하고 계산하셔야 합니다.
의료비 세액공제는 근로자가 직접 부담한 의료비만 대상이며, 국가나 다른 기관으로부터 보전받은 금액은 공제 대상 의료비에서 차감합니다.
국민바우처로 지원받은 금액은 실손의료보험금처럼 보전받은 금액에 해당하므로, 그 지원금으로 지출한 의료비는 공제 대상 의료비에서 제외해야 합니다. 다만 바우처를 받았더라도 본인이 별도로 추가 부담한 의료비가 있다면 그 부분은 직접 부담분에 해당하면 공제 대상이 될 수 있습니다.
실무적으로는 바우처로 결제한 금액과 본인 부담 금액을 구분해서 확인하고, 실제 본인이 부담한 금액만 의료비 세액공제 신청 금액에 넣는 것이 안전합니다.